Die klagenden Worte Habakuks sind so formuliert, dass sie auch heute noch so klingen, als seien sie für unsere Gegenwart formuliert. Er benennt nicht die Gewalt, die er anklagt, er identifiziert nicht den Übeltäter und auch nicht den Gerechten. Er klagt über Gewalt, Misshandlung, Zwietracht und Streit, aber er klagt damit nicht diejenigen Menschen an, die dafür verantwortlich sind, sondern Gott. Ihm geht es um die grundlegende Frage: Wozu das ganze Leid? Er selbst hat darauf keine Antwort.

Der Prophet wendet sich nicht zornig an die Übeltäter, sondern an Gott; und diese Anklage findet ihren Höhepunkt in Habakuk 1,4: „Darum ist die Weisung ohne Kraft und das Recht setzt sich nicht mehr durch. Ja, der Frevler umstellt den Gerechten und so wird das Recht verdreht.“ Die Übeltäter haben die Überhand gewonnen. Wie kann ein Gerechter, das heißt ein Frommer, darauf reagieren. Er klammert sich an das Recht Gottes, das Gottes Willen zum Ausdruck bringt. Aber wenn hinter den Forderungen des Gesetzes keine göttliche Durchsetzungsmacht steht, dann kann es dazu kommen, dass die menschliche Willkür herrscht. Kurzum: Gottes Gesetz ist nur gerecht, wenn Gott Gerechtigkeit verbürgt.

Diese Gerechtigkeit verbürgt Gott in seiner Antwort in Habakuk 2,2-4. Gottes Worte zielen dabei weniger auf das Schicksal des Gerechten, sondern er verkündet die Gewissheit der Strafe für die Frevler. Vers 4 beginnt mit der Verheißung: „Wer nicht rechtschaffen ist, schwindet dahin.“ Gott spricht nicht explizit davon, dass er eingreifen wird, sondern er gibt Gewissheit, dass es einen direkten Zusammenhang zwischen dem eigenen Tun und dem Ergehen gibt. Der Glaube daran ist es, den Habakuk bezweifelt – und der bis heute weiterhin fraglich ist. 

In der Perspektive des Buches Habakuk müssen diese Worte auch im Kontext der babylonischen Weltmacht betrachtet werden. Gemäß Habakuk 1,5-11 sendet Gott sie, um Juda für seine Missetaten zu bestrafen. Das Leid, dass sie über das Volk Gottes bringen, ist aber nur ein „Anrücken“ und „Vorüberziehen“, wie es die Verse 9 und 11 formulieren. Juda wurde von den Babyloniern ins Exil geführt, aber kehrte von dort auch wieder zurück. Aus dieser Gewissheit soll der Leser und die Leserin ableiten können, dass derjenige, der treu zu Gott steht, die Stürme der Weltgeschichte und des Gotteszorns überstehen wird. Doch ebenso klingen auch die Fragen Habakuks, "Wie lange noch?", "Wozu?", durch die Weltgeschichte. Und dass diese Fragen berechtigt sind, zeigt, dass Gott sie einer Antwort würdigt.

Auf der Fassade des Käthchenhauses aus dem 14. Jahrhunderts am Marktplatz in Heilbronn gibt es eine Darstellung des Propheten Habakuks, der seine Hände auf die Botschaft „Inpius arcet atque circundat pium (Der Gottlose übervorteilt den Gerechten)“ stützt. Mit diesen Worten ist passend das von dem Propheten angeklagte Grundproblem angesprochen (siehe auch die Wehe-Rufe in Habakuk 2,6-19). 

Gottes Antwort an Habakuk hat grundlegende Bedeutung für die Theologie des Apostel Paulus. In seinem Brief an die Galater schreibt er: 

„Dass aber durch das Gesetz niemand vor Gott gerecht gemacht wird, ist offenkundig; denn: Der aus Glauben Gerechte wird leben.“ (Galater 3,11)

Und im Brief an die Römer schreibt er:

„Denn ich schäme mich des Evangeliums nicht: Es ist eine Kraft Gottes zur Rettung für jeden, der glaubt, zuerst für den Juden, aber ebenso für den Griechen. Denn in ihm wird die Gerechtigkeit Gottes offenbart aus Glauben zum Glauben, wie geschrieben steht: Der aus Glauben Gerechte wird leben.“ (Römer 1,16)

An diesen beiden Stellen zitiert Paulus Habakuk 2,4b: „der Gerechte aber bleibt wegen seiner Treue am Leben“. In seinem Verständnis dieses Verses folgt er der antiken, griechischen Übersetzung des Alten Testaments, die anstatt „Treue“ (bzw. „Beständigkeit“), bewusst das Wort πίστις (gesprochen: pistis), das „Glauben“ bedeutet, verwendet. Paulus verwendet dieses Habakuk-Zitat um die Rechtfertigung des Sünders zu begründen. Im Buch des Propheten Habakuks geht es aber nicht um den Sünder, sondern um den Gerechten im Angesicht derjenigen, die sich nicht an das Gesetz Gottes halten.

Auch im Brief an die Hebräer wird ein Teil der Antwort Gottes an den Propheten aufgenommen, um dort, wie im Buch Habakuk, für Ausdauer und Zuversicht im Glauben zu werben.

„³⁵ Werft also eure Zuversicht nicht weg - sie hat großen Lohn! ³⁶ Was ihr braucht, ist Ausdauer, damit ihr den Willen Gottes erfüllt und die Verheißung erlangt. ³⁷ Denn nur noch eine ganz kurze Zeit, dann wird der kommen, der kommen soll, und er bleibt nicht aus. ³⁸ Mein Gerechter aber wird aus Glauben leben; doch wenn er zurückweicht, hat meine Seele kein Gefallen an ihm. ³⁹ Wir aber gehören nicht zu denen, die zurückweichen und verloren gehen, sondern zu denen, die glauben und das Leben gewinnen.“ (Hebräer 10,35-39)